עתידה להיות מלחמה גדולה בין משיח בן יוסף לארמילוס הרשע שהס"מ שרו של אדוֹם יהיה מלובש בו, ואז משיח בן יוסף ייפול על ידי שיידקר בחרב בזמן היותו בשערי ירושלים ויעלה לו כך בגלל עוונות עם ישראל ובגלל עוון שני עגלי עבודה זרה שהעמיד ירבעם בן נבט שהוא קשור לנשמתו. מיתתו תהיה כפרה על כל ישראל שהתחייבו כליה ויכופר להם עוון העגל לגמרי כך שלא יישאר לישראל שום שמץ מזה החטא. וזה על דרך שאמר הנביא על משיח בן יוסף "וְהוּא מְחֹלָל מִפְּשָׁעֵנוּ מְדֻכָּא מֵעֲוֹנֹתֵינוּ מוּסַר שְׁלוֹמֵנוּ עָלָיו וּבַחֲבֻרָתוֹ נִרְפָּא לָנוּ" כלומר שהוא יהיה רפואה לצדיקים. עם ישראל מתפללים בכל יום שלא ימות משיח בן יוסף - וכפי שאמרו נשמותיהן של שמעיה ואבטליון להאר"י ז"ל כאשר השתטח על קבריהם - שצריך לכוון בכל שלושת התפילות שמתפללים בכל יום בעת תפילת העמידה, בתיבות "וְכִסֵּא דָוִד עַבְדְּךָ מְהֵרָה בְתוֹכָהּ תָּכִין" שה' יתברך יְחַיֶּה את משיח בן יוסף ולא ימות על ידי ארמילוס הרשע, לפי שמשיח בן יוסף הוא הנקרא "כִסֵּא דָוִד". ועל ידי התפילה עליו יכול להיות שיכופר עוון ישראל ויתמתקו 'הדינים' מתוך רחמים, ותהיה זכות שלא ימות משיח בן יוסף. וכן טוב לכוון בפרשת 'עקידת יצחק' בתפילת שחרית בתוך התיבות "אַל תִּשְׁלַח יָדְךָ אֶל הַנַּעַר וְאַל תַּעַשׂ לוֹ מְאוּמָה" שלא ייהרג משיח בן יוסף. כל מטרתו ומסירות נפשו של משיח בן יוסף תהיה על מלוכתו של משיח בן דוד, וגם אם ימות יביא הצלה לישראל, כי אחרי מותו יבוא משיח בן דוד ויקים אותו לתחייה והוא יחזור עם נשמה שתהיה מושלמת עוד יותר ממה שהיתה לו קודם למותו, ויראה את נקמתו ונקמת ישראל במפלת המלך גוג בשעה שילחם יחד עם משיח בן דוד את מלחמות ה' ויכניעו את האומות. ואחר כך ימסור משיח בן יוסף את המלוכה על ישראל לידי משיח בן דוד. וזה הטעם ש'בית יוסף' נמשל ללהבה בפסוק "וּבֵית יוֹסֵף לֶהָבָה וּבֵית עֵשָׂו לְקַשׁ" כי בדומה ללהבה גם מלכותו איננה קיימת תמיד, ועתידה לעבור למשיח בן דוד. ואחר כך משיח בן יוסף ישמש כמשנה למשיח בן דוד אשר ימלוך מסוף העולם ועד סופו ויהיה בכוחו להמית בפיו את כל הרשעים שנותרו. ובשעה זו יתקיים חלומו הנבואי של יוסף הצדיק על אֶחָיו (מטעמי תורת חיים פרשת ויגש).
ה' עתיד להעמיד לישראל שני משיחים את משיח בן יוסף כגואל ראשון ואת משיח בן דוד כגואל אחרון ועיקרי, שמעלתו תהיה גדולה יותר מהראשון. ושניהם רמוזים בפסוק "לֹא יָסוּר שֵׁבֶט מִיהוּדָה וּמְחֹקֵק מִבֵּין רַגְלָיו", "לֹא יָסוּר שֵׁבֶט מִיהוּדָה" – הוא משיח בן דוד, "וּמְחֹקֵק מִבֵּין רַגְלָיו" – הוא משיח בן יוסף. ומשיח בן יוסף ממתין ומצפה מתי יבוא היום שיגאל את ישראל מאומות העולם ויכניעם, ואחרי כן יוכל להתגלות משיח בן דוד ולעסוק בגאולת החיים וב'גאולת המתים' שהיא תחיית המתים. משיח בן יוסף יהיה איש גבור חיל שילחום את מלחמות ה'. הוא יהיה 'משיח מלחמה' להכות את הרשעים של מלכות אדום במלחמת גוג, להשמיד את זרע עמלק ולדחות את כוחות הרע מן העולם. וכשם שיוסף שלט על כוחות הסטרא אחרא במצרים, כן הוא יתגלגל בתוך משיח בן יוסף וישלוט בהם לעתיד לבוא. וזה כוונת הפסוק "מִלְחָמָה לה' בַּעֲמָלֵק מִדֹּר דֹּר" שהמלחמה "בעמלק" היא "מִדֹּר" של יהושע בן נון שהוא מזרעו של יוסף הצדיק וגלגול נשמתו, עד ל"דֹּר" האחרון שאז יחזור שוב יוסף הצדיק שהוא שִׂטְנוֹ של עשו, ויכניע את עמלק הרשע (עלון מטעמי חיים על פרשת ויגש).