עם ישראל זכו לשתות מבארה של מרים ארבעים שנה, כי במים הללו היתה סגולה מיוחדת שמי ששותה מהם היו נפתחים לו מעיינות החכמה, ותורת משה היתה נשארת בלבו מבלי לשכוח.
כיום, אין ידוע לנו היכן נמצאת בארה של מרים. אך רבנו האר"י ז"ל ידע היכן היא, וגילו לו זאת מן השמים, כי נשלח לעולם הזה למען תלמידו רבי חיים ויטאל (מהרח"ו), בכדי להעביר לו את חכמת הקבלה. כמו כן נודע לו, כי נותרו לו שנה או שנתיים לחיות, ובזמן הזה עליו להעביר את חכמתו לרבי חיים.
והנה באותו זמן הגיע האר"י ממצרים לצפת (והיה אז בערך בגיל שלושים ושש), וגם רבי חיים הגיע מדמשק לצפת, ונסמך להוראה מפי מרן הבית יוסף, כיון שהיה בקי גדול בש"ס, וכל מי שהיה יודע את כל מסכתות הש"ס עם פירוש הר"ן בעל פה - היו סומכים אותו.
באותה העת, היה לומד מהרח"ו עם קבוצה של תלמידי חכמים את חכמת הקבלה, ומכיון שלא הכיר כל כך את כח חכמתו של האר"י בקבלה, לכן לא ראה צורך ללכת אליו ללמוד אצלו.
פעם למד עם תלמידיו קטע בזוהר ובקבלה, ונתקלו באיזו קושיה שלא ידעו את פתרונה. ישב מהרח"ו בתענית, וביקש שיסייעוהו מן השמים להבין את הסוגיא. אמרו לו בחלום מן השמים, כי רבי יצחק לוריא אשכנזי הוא יבאר לו את הענין.
הלך מהרח"ו להאר"י, וקודם כניסתו אמר לו האר"י: הגעת לכאן כדי שאבאר לך ענין פלוני, הנה כך וכך ביאורו. ואחר שנתרצה בפירושו, אמר לו האר"י: יש פירוש יותר בהיר מזה. ביקש מהרח"ו מהאר"י ז"ל לומר לו את הביאור הנוסף, וכן עשה. האר"י באר לו בצורה נוספת, ואמר לו כי יש בענין זה ששה פירושים כנגד ימות החול, ומיד אמרם לו, ומהרח"ו עומד משתאה לעומק ידיעותיו של האר"י.
או אז הוסיף האר"י ואמר לו, כי יש עמו פירוש נוסף מופלא מאוד, אך הוא אינו ראוי לשמעו. מהרח"ו ששמע זאת - הצטער מאוד, וישב בתענית לבקש רחמים מהשם יתברך שהאר"י יגלה לו את הפירוש השביעי. ואז הודיעוהו מן השמים, כי ילך שוב אצל האר"י וילמד אצלו חכמת הקבלה. האר"י ז"ל קבלו בשמחה, ואמר לו שיש לו עוד זמן קצר לחיות (כעשרים חדשים) ושהוא נשלח מהשמים למענו.
והנה, כשהתחיל האר"י לפרש לו את הפירוש השביעי, לא תפס רבי חיים את הביאור לרוב עומק הענין, ואז אמר לו האר"י שילכו יחד לימה של טבריה ושם ישתה מבארה של מרים. כשהגיעו לימה של טבריה, הצביע האר"י על מקום מסוים, ואמר לתלמידו שישאב מים וישתה, ומאז ששתה - נפתחו לו שערי שמים והבין את כל הגילויים שגילה לו האר"י הקדוש, וכך חיבר את ספריו - 'שמונה שערים', שהם: שער הכוונות, שער הגלגולים, שער רוח הקודש, שער מאמרי רשב"י, ועוד. ע"כ.
ואם כן, אנחנו יכולים לתאר לעצמנו לאלו הישגים גדולים הגיעו עם ישראל במדבר, כי על ידי שתיית מי הבאר - לא נשתכחה תורתם, ועל ידי אכילת המן זכו להתעלות רוחנית. וכמו שאמרו חז"ל (יומא עה:) על הפסוק (תהלים עח, כה): "לחם אבירים אכל איש" - מן שאכלו בני ישראל במדבר, היה מאכלם של מלאכי השרת, והיה נבלע במאתיים וארבעים ושמונה אברים [אבירים - אברים].
וזה היה רצונו של הקדוש ברוך הוא, שעם ישראל יתעכבו מלהיכנס לארץ זבת חלב ודבש, כדי שיכנסו לארץ עם מטען גדול של תורה שהועיל לדורות.
סגולת הרפואה בבאר מרים
וידוע, כי בבארה של מרים היתה רפואה מיוחדת, שכל מי שנחלה והיה שותה ממימי הבאר - היה מתרפא. כמו שכתב ה'כלבו' (סי' מא) שנהגו הנשים לדלות מים מהבארות במוצאי שבת לאחר ברכו, משום שאז בארה של מרים עוברת על כל הבארות, ובכך יתכן שבאותו רגע שתדלה - תעבור שם הבאר.
ומעשה באשה אחת שבעלה היה מוכה שחין, והלכה לדלות מים במוצאי שבת, ונזדמנה לה בארה של מרים ומילאה ממנה בלא ידיעתה. לאחר מכן, עמדה בחצר ופטפטה עם חברותיה וחזרה לביתה באיחור, בעלה שהמתין לה רבות - כעס עליה מאוד, ובתוך כעסו הכה את הכד, ומחמת זה נפל הכד מידה ונשפך, ונתזו ממנו כמה טיפות על בשרו. ובכל מקום שנפלו המים - התרפא בשרו כבשר תינוק. הצטער הבעל מאוד, ואמר: אילו הייתי שותה מהמים הללו - כל גופי היה מתרפא. ועל זה אמרו חז"ל (קדושין מא.) הרגזן - לא עלתה בידו אלא רגזנותו (מדרש אגדה, הובא בבית יוסף אור"ח סי' רצ"ט).
ועתה נתבונן נא, אם המים הועילו לאותו מוכה שחין לרפאותו באותן מקומות שנגעו המים על בשרו, נתאר לעצמנו - למה זכו ישראל אשר שתו מבארה של מרים במשך ארבעים שנה.
